Après réception des dossiers des candidats (au format papier et numérique), la procédure de sélection s’opère en deux phases :

• La première (phase d’instruction) vise à vérifier la conformité administrative des structures porteuses ainsi que la conformité budgétaire du projet et à établir la faisabilité technique, organisationnelle/gouvernance, économique et financière des projets ;
• La deuxième (phase de sélection) consiste en un comité de sélection qui statue sur les dossiers recevables en fonction de leur évaluation des projets selon une grille de notation. Ce comité de sélection est composé des représentants de la Délégation de l'Union Européenne, l'Ambassade de France et l'Institut Français du Gabon et d’autres partenaires techniques en fonction de la spécificité de l’appel à projets.